๑. กองบังคับการ มีหน้าที่ อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ ควบคุม ปกครองบังคับบัญชาและบริหารงานให้เป็นไปตามภารกิจของสถาบันเวชศาสตร์การบิน

๒. แผนกการเงิน มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการเบิกจ่ายเงิน เก็บเงิน การเก็บรักษาเงินการบัญชีและหลักฐานประกอบบัญชี ตลอดจนหลักฐานอื่น ๆ ในความรับผิดชอบให้เป็นไปตามระเบียบแบบแผนของทางราชการ มีหัวหน้านายทหารการเงินเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

๓. กองวิทยาการ มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการค้นคว้า รวบรวมข้อมูลข่าวสาร กำหนดมาตรฐานหลักเกณฑ์ จัดทำระเบียบ ควบคุม ประเมินผล จัดทำสถิติวิเคราะห์ เผยแพร่วิทยากร กับมีหน้าที่จัดการความรู้บริหารการฝึกและศึกษา อบรมวิชาการเวชศาสตร์การบินและวิชาทั่วไป ดูแล ด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ รวมทั้งอุปกรณ์การสอน และตรวจตรากิจการด้านเวชศาสตร์การบิน มีหัวหน้ากอง กองวิทยาการเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

๔. กองควบคุมสุขภาพผู้ทำการในอากาศ มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสุขภาพ ตรวจรักษา ตรวจคัดเลือก ตรวจพิเศษ ให้คำปรึกษาแนะนำด้านสุขภาพแก่ผู้ทำการในอากาศ และเจ้าหน้าที่ ที่เกี่ยวข้องกับการบิน การพิจารณางดทำการบิน ต่ออายุการบิน หรือการทำงานในอากาศ ตามมาตรฐานทางการแพทย์ กฎขององค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศและความ ปลอดภัยในการบิน วิจัยและพัฒนาวิธีการและอุปกรณ์ในการตรวจสุขภาพ ตรวจรักษา และจัดทำเวชระเบียน รายงานสถิติ มีผู้อำนวยการกอง กองควบคุมสุขภาพผู้ทำการในอากาศ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

๕. กองนิรภัยเวชกรรมการบิน มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบอุปกรณ์ทรงชีพผู้ทำการในอากาศสายแพทย์ ให้การศึกษาอบรมวิชาการ และฝึกสาธิตอุปกรณ์ด้านสรีรวิทยาการบินแก่ผู้ทำการในอากาศ และเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องกับการบิน ตรวจและพิสูจน์ศพผู้เสียชีวิตพร้อม สรุปสาเหตุและเสนอแนะการป้องกันซึ่งเกี่ยวข้องกับอากาศยานอุบัติเหตุ กับ มีหน้าที่ให้คำปรึกษา แนะนำ กิจการด้านนิรภัยเวชศาสตร์การบิน มีผู้อำนวยการ กองนิรภัยเวชกรรมการบิน เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

๖. กองพยาธิวิทยาการบิน มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจวิเคราะห์ ในห้องปฏิบัติการทางชีวะเคมี โลหิตวิทยา พิษวิทยา และพยาธิวิทยาการบิน การค้นหาสาเหตุอากาศยานอุบัติเหตุทางการแพทย์ วิจัย พัฒนา และเผยแพร่พยาธิวิทยาการบิน มีหัวหน้ากอง กองพยาธิวิทยาการบิน เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

๗. ศูนย์ลำเลียงทางอากาศสายแพทย์ มีหน้าที่ วางแผนการปฏิบัติ อำนวยการ ประสานงาน ติดตาม กำกับดูแล และดำเนินการเกี่ยวกับการลำเลียงผู้ป่วยทางอากาศ และการช่วยเหลือผู้ประสบภัยจากอากาศยาน อุบัติเหตุในพื้นที่รับผิดชอบ มีผู้อำนวยการศูนย์ลำเลียงทางอากาศสายแพทย์ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

๘. แผนกบริการ มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการ การพลาธิการ การขนส่ง การช่างโยธา การสวัสดิการ ในการบริการเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติภารกิจให้กับ สถาบันเวชศาสตร์การบิน มีหัวหน้าแผนกบริการเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

Start with the customer – find out what they want and give it to them.