สถาบันเวชศาสตร์การบินกองทัพอากาศ มีหน้าที่ วางแผนการปฏิบัติ อำนวยการ ประสานงาน ติดตาม กำกับการ พัฒนา และดำเนินการเกี่ยวกับเวชศาสตร์การบินแก่ผู้ทำการในอากาศและผู้เกี่ยวข้อง และการพัสดุเวชศาสตร์การบิน กับมีหน้าที่จัดการความรู้ ควบคุม ประเมินผล และตรวจตรากิจการในสายวิทยาการด้านเวชศาสตร์การบิน มีผู้อำนวยการสถาบันเวชศาสตร์การบินกองทัพอากาศเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
อ้างอิงจาก พระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการ กองทัพอากาศ กองทัพไทย กระทรวงกลาโหม พ.ศ. ๒๕๕๒